Dockerfile を編集し、エージェントのバイナリがコピーされた場所に基づいて image start コマンドに -javaagent 引数を含めます。

例：

ENV JAVA_OPTS -javaagent:/opt/appdynamics/javaagent.jar
CMD ["java", "$JAVA_OPTS", "-jar", "/myapp.jar"]

Spring Boot などの一部の Java フレームワークでは、既存の JAVA_TOOL_OPTIONS 環境変数を利用して -javaagent 引数を含めることができます。